PHPでPDFを扱うためのライブラリにTCPDFがあります。
TCPDFでOTFフォントを使用すると、AcrobatReaderでは正常に読めても、Illustratorで正常に読めず、テキストがラスタライズされて少々気持ちの悪い事態に遭遇することとなります。
Illutratorで開くことを想定しているなら、TCPDFで扱うフォントには少々の工夫が必要なので、ここに残しておきます。

まず、TCPDFで扱うフォントはTTFフォントで統一します。フォント名が同じであればTTFで作成したPDFでも、OTFフォントがインストールされた環境のIllustratorでも問題なく読むことが出来ます。

OTFフォントをTTFフォントに変換するにはFontForgeを使用します。
インストール方法を検索すると、Windowsのcygwin環境下でのインストール方法が沢山ヒットしますが、個人的にはうまくいかなかったので、LinuxのCentOS5を使用しました。アプリケーションはGUIでx11環境が必要なので、デスクトップ版を用意しましょう。
パッケージはhttp://sourceforge.net/projects/fontforge/files/fontforge-executables/から「fontforge-20090923-1.i386.rpm」をダウンロードします。少々古いものですが、特に問題ありません。ダウンロードが終わると、ファイルをダブルクリックするだけでインストールが始まり、あっさりと完了します。

アプリケーションはGUIなのですが、メニューには登録されませんのでファイルを直接起動するか、ターミナルから起動する必要があります。ターミナルで「fontforge」と入力して起動すると、読み込むファイルを要求されるのでTTFフォントに変換したいOTFフォントを選択します。

選択したOTFファイルの内容によってはCIDマップファイルが必要と言われるかもしれません。CIDマップファイルはhttp://fontforge.sourceforge.net/cidmaps.tgzにありますので、ダウンロードして展開したファイルを「/usr/share/fontforge/」にコピーします。

しばらくして読み込みが完了すると文字コード表が表示されるので、メニューより「CID＞単一化」を選択してファイルを統合します。
そしてメニューより「ファイル＞フォントを保存」を選択して、保存形式を「TrueType」に設定し、保存ファイル名を入力して保存すれば完了です。
これで変換作業は完了です。作成されたTTFファイルを開いて正常に読み込むことができれば成功です。

フォントファイルをTCPDFで扱える状態にする方法は、ライブラリ内のtcpdf/fonts/utils/README.TXTにある通りで問題ありません。むしろ他に方法がありません。
「$ ttf2ufm -a -F myfont.ttf」
「$ php -q makefont.php myfont.ttf myfont.ufm」
これで作成されたファイルをfontsディレクトリにコピーし、TCPDFよりPDFを作成すればAcrobatReaderでもIllustratorでも問題なく開くことが出来るPDFファイルの完成です。

いまいち文章が推敲されていないのでまとめます。

TCPDFはPDF作成ライブラリですごい
TCPDFのPDFはOTFフォントを使うとIllustratorでは読めない（ラスタライズされる）ことがある
TCPDFのPDFをＩｌｌｕｓｔｒａｔｏｒで読む可能性があるならOTFフォントをTTFフォントに変換しておく
OTFフォントをTTFフォントに変換するにはFontForgeを利用する
CIDマップがないとOTFファイルを展開できない（ことがあるかもしれない）