Windowsで作業するには問題はおきませんが、
別のOＳやUTF-8コードのアプリケーションで使用すると、
とたんに牙をむくのがバックスラッシュ。このCMSでもそうですね。

コードで書くとバックスラッシュは\x5c
円マークは\xc2\xa5

ファイルやＤＢへの保存はそのままでもいいですが、
表示させるときに絶対に¥でなければ困る場合は置換するのを忘れないように。

s/\x5c/\xc2\xa5/g;

ちなみに、JavaScriptで表示を切り替えたりする場合、
codeタグで囲んでいると、\x5cのままでも円記号になることがある不思議。
このWordPressの編集において「ビジュアル」では円記号だけど、
保存して表示するとバックスラッシュに戻る。