PHPの開発はなんだかんだで自前鯖や自宅鯖だったので、モジュールでフルの状態で動かしていたわけです。
プリントライはcoreserverに乗せたのですが、ここはセーフモードなのです。
あらかじめわかってはいましたがここまで時間をとられるとは思いませんでした。
まぁ、なんだかんだでCGIモードでなければならない部分はAjaxで逃げて事なきを得ています。
とりあえず行き詰った部分を。

・execが使えない（セーフモードというよりは鯖の設定か）
・mail関数で第5引数があるとワーニング８セーフモードのせい）
・ディレクトリのオーナーが違うと書き込めない（セーフモードのせい・Apacheとphpのユーザ）