SANs証明とかいうやつで、1つの証明書で複数のドメインに対応させるやつです。
細かいことは省きます。

やりたかったこと
複数のホスト名で、1つのシステムにアクセスする
システムでホスト名を判別しているのでサーバー側ではイジる必要がない

まずはSSL化したいホスト名でアクセスできるようにApacheを設定して、1つ目のサーバーのドキュメントルート下の「/.well-known/acme-challenge/」にファイル書き込めるようにアクセス権を設定、さらにAliasを張って他のホスト名からも見られるようにする
※-dで指定するけど今回はパス

./certbot-auto certonly –webroot -w /home/www/public_html/ -d san1.exsample.com -d san2.exsample.com

重要なのは、ホスト名ごとに仮想サーバーを設定すること。別名ではcertbotが認識してくれない
※させる方法もあるのかな？

覚えておくこと
導入できたSSLは1つ目のホスト名で登録される
SSL証明を見るとDNS設定で同居しているホスト名が見えるので、バレては困る場合は使えない（IPでもわかるがサーバーが同じだからと初留者が同じとは限らないが、SSLでは所有者が同じでないと同居できない）

これでVPSを纏めることができる、かなり節約になるかな。
余裕できたらサイトを量産するぞ～