PHPでXMLファイルを使用する必要がありました。
多段階層のデータを参照配列で扱いたいのです。
PHPでXMLファイルを作成して、Perlのスクリプトで使用するというプロセスです。
PHPのセッションに格納しておいて、セッションファイルを直接読みに行かせるなども考えたのですが、
メンテナンスを考えて結局XMLファイルを用意する方法に決定。

XMLファイルをPHPで読み直す際に問題が発生。
ノードがオブジェクトのまま、simpleXMLElementになっていて扱いづらい。
単階層の場合は、(string)$hogeとか、“$hoge”とかするだけで何とかなるのですが、多段階層の場合はそうもいきません。
他に構造を扱う関数としてjson_decode(json_encode($hoge),true)で何とかなるかと思いきや、空値が配列になってしまう問題が発生。空値用の特別文字「{empty}」などを用意してみたりしても、判定を追加する箇所が多すぎで挫折。
さらに、「<!CDATA[fuga]]>」も配列になることが判明、まったく使い物になりませんでした。

最終的には、ドキュメントで何を言っているのかよくわからなかったパラメータを適当に採用していたら、希望する動作を見せたので落ち着きました。
結局はこうなりました。
「simplexml_load_file( $set_file, 'simpleXMLElement', LIBXML_NOCDATA )」

PHPは、関数の動作がこうもいい加減なものが多いですね。
互換のためにいろんなパラメータが追加されたり、関数名が変更になったりと振り回され続けるしかないですね。