OTFフォントは内部にグリフの参照テーブルを持っています。
フォントを扱うソフトによっては編集を開始する際・変換を行う際・保存設定によってはその情報が欠けることがあり、保存したフォントファイルを使用するとその文字が表示できなくなることが（割と）あります。
FontForgeでOTFをTTFに変換する際などが顕著で、OTEditでもグリフが抜け落ちるものができるものがあります。
cidmapでどうにかなりそうなのですが、情報にたどり着けなかったので。
とりあえずアスキー文字を中心に、拡張文字などは対象外にします。
キリがないので。

結局は編集前のグリフと比較しながらコピーするなどで補完するわけですが、その場合のコード変換表をメモしておこうかと。
スクリプトを組むこともできるんでしょうけど、やり方不明なので手動のほうが確実で速いです。
以下は「源ノ角ゴシック」の場合、フォントによっては影響が小さいものもあるし、大きいものもあるはずです。
フォントの造り次第。

＜必須＞
「-」　002D　HYPHEN-MINUS　※2011参照
「_」　005F　LOW LINE
「`」　0060　GRAVE ASSENT
「~」　007E　TILDE　※223C参照
「−」　2212　MINUS SIGN　※FF0D
「∣」　2223　DIVIDES

＜あったほうがいい・便利かも・機種依存？＞
「¯」　00AF　MACRON
「·」　00B7　MIDDLE DOT　※2219参照
「¸」　00B8　CEDILLA
「‘」　2018　LEFT SINGLE QUOTATION MARK
「’」　2019 RIGHT SINGLE QUOTATION MARK
「⃝」　20DD　COMBINING ENCLOSING CIRCLE
「〜」　301C　WAVE DASH　※FF5E参照

＜不要かも＞
「⁂」　2042　ASTERISM
「⁇」　2047　DOUBLE QUESTION MARK
「⁈」　2048　QUESTION EXCLAMATION MARK
「⁑」　2051　TWO ASTERISK ALIGNED VETICALLY
「₩」　20A9　WON SIGN
「₫」　20AB　DON SIGN
「‧」　2027　INVERTED OHM SIGN
「℮」　212E　ESTIMATED SYMBOL
「↕」　2195　UP DOWM ARROW
「↸」　21B8 NORTH WEST ARROW TO LONG BAR
「↹」　21B9　LEFTWARDS ARROW TO BAR OVER RIGHTWARDS ARROW TO BAR
「⇵」　21F5　DOWNWARDS ARROW LEFTWORDS OF UPWARDS ARROW
「∆」　2206　INCREMENT
「∉」　2209　NOT AN ELEMENT OF
「∏」　220F　N-ARY PRODUCT
「∥」　2225　PARALLEL TO
「∦」　2226　NOT PARALLEL TO
「∶」　2236　RATIO
「∷」　2237　PROPORTION
「≅」　2245　APPROXIMATELY EQUAL TO
「≈」　2248　ALMOST EQUAL TO
「≌」　224C　ALL　EQUAL　TO
「≢」　2262　NOT IDENTICAL TO
「≤」　2264　LESS-THAN OR EQUAL TO
「≥」　2265　GREATER-THAN OR EQUAL TO
「ゔ」　3094　HIRAGANA LETTER VU
「ゕ」　3095　HIRAGANA LETTER SMALL KA
「ゖ」　3096　HIRAGANA LETTER SMALL KE
「」3099　COMBINING KATAKANA-HIRAGANA VOICED SOUND MARK　※前の文字に濁点（てんてん）をつける特殊文字
「」309A　COMBINING KATAKANA-HIRAGANA SEMI-VOICED　SOUND MARK ※前の文字に半濁点（まる）を追加する特殊文字

3016　～　301B
301D　～　3020

※源ノ角ゴシックBOLD OTF→OTEDIT変換時に抜け落ちるグリフ 2265まで確認

…追記中