Paint.NETのバージョン4が、去る6月24日にリリースされていました。
バージョン4からGPUアクセラレーション機能が実装されましたが、環境によってはクラッシュして起動できなくなる可能性があります。

当店の環境（Windows7 64bit）でもクラッシュしましたが、次の方法で復旧できます。 レジストリエディタを起動します。 キー名「HKEY_CURRENT_USER\Software\Paint.NET」にアクセスし、項目名「UI/EnableHardwareAcceleration」の値を「False」に変更します。 これでGPUアクセラレーションのチェックを外せますので、起動時のクラッシュを回避できるようになります。