特に変更を加えていない処理を通るテストをしていると、
Deprecated: Comments starting with '#' are deprecated
と大量の非推奨メッセージが。
どうやらPHP5.3から#のコメントは非推奨になったとのことで、そのエラーが出ていたようです。

ちょっと前に、Yahoo!ウォレット実装のために5.3に上げたのが原因でしょう。
そういえば、まだ審査結果が来ないのですが。

通常のスクリプトには#は使わないのですが、iniファイルでは普通に使っていました。
perlと共用できる利点があったのですが、これで分けないといけなくなったのはちょっと残念です。